Si queremos un HTML más semántico y mejor estructurado, es necesario que en vez de mostrar elementos span tengamos elementos de lista, li.

Pese que tras un primer vistazo a la documentación, parece que no es posible, mirando la API, descubro que mediante las opciones que se pasan al método numbers(), es posible especificar que elemento se mostrará antes y después de cada enlace numérico.

$this->numbers( array('tag'=>'li') );