La hasta ahora /app/webroot/themed/mi_tema/ cambia a /app/views/themed/mi_tema/webroot y dentro de esta las carpetas /css, /img y /js.

De esta manera CakePHP pretende que los temas sean más compactos y facilitar su distribución a terceras personas. No es mala idea, pero me gustaba el funcionamiento de la 1.2 con sus cosas separadas respetando la lógica de las carpetas.

Más información: Uso de Temas (Documentación oficial).

Sólo necesitamos crear una carpeta dentro de Views llamada themed y dentro de esta otra carpeta con el nombre del tema que queramos en la que pondremos todas las vistas que normalmente estarían en la carpeta Views. O sea, la carpeta layouts, pages y todas las otras carpetas de las vistas de nuestros controladores.

En el caso que existan CSS y Javascripts exclusivos para cada tema, estas carpetas deben residir dentro de webroot/themed/<nombre de nuestro tema> y aquí poner las carpetas CSS y JS con los archivos pertinentes.

Para decirle a la aplicación qué tema usar, debemos especificarlo desde la declaración de miembros de un controlador específico o desde el app_controller, mediante: var $theme = ‘mi_tema’

También se puede cambiar el tema en los métodos callback beforeRender() o beforeFilter().

Más información en la sección de Themes de la documentación.

Esto hace más evidente que el mayor código posible de la lógica (en realidad todo) debe residir en el controlador y en mayor medida en el modelo.